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本篇文章给大家谈谈blast官网，以及成都blast官网对应的知识点，希望对各位有所帮助，不要忘了收藏本站喔。

本文目录：

• 1、NCBI在线设计引物,经典必会!
• 2、如何在进行基因序列比对
• 3、菌种鉴定——如何构建系统发育树
• 4、BLAST的本地安装和简单使用
• 5、NCBI在线版Blast使用(超详细奥)

NCBI在线设计引物,经典必会!

NCBI（National Center for Biotechnology Information）作为生物信息学blast官网的核心资源blast官网，提供blast官网了丰富的工具来支持科研人员的工作。其中，Primer-BLAST是NCBI中非常实用的引物设计工具，它结合了BLAST与全局对准算法，能够高效、准确地设计特异性引物。

NCBI在线设计引物完全教程 在分子生物学实验中，引物设计是至关重要的一步，特别是在进行定量PCR（QPCR）时。以下是一个基于NCBI数据库的详细引物设计教程，以人的β-actin基因为例。查找基因 访问NCBI网站blast官网：首先，打开NCBI（National Center for Biotechnology Information）的官方网站。

将设计好的引物填入Primer-BLAST界面，分别复制上游引物和下游引物。点击“Primer BLAST”，查看引物可能会与数据库中的多少mRNA序列互补，从而评估引物的特异性。二聚体检测：访问IDT引物分析网站进行引物二聚体检测。在“SELF-DIMER”部分输入正向引物，检查其是否容易形成自身二聚体。

如何在进行基因序列比对

搜索找到NCBI官方网站。找到BLAST选项并点击进入。在“Basic Blast”内找到核酸blast并点击进入。在输入查询的对话框中打入目标序列， 勾选“Align two or more sequences”，可以输入两个以及三个以上的序列选项进行对比。把两段或者两段序列输入后，点击Blast进行比对，几秒钟后查看结果。

网络搜索下载并安装BioEdit软件。将你所要比对的序列以fasta格式粘贴在文本文档里。BioEdit软件打开文本文档，选中所有的序列，按下图方法选择要打开的标签。

点击Align，选择序列比对算法。推荐使用Clustal W算法，它是一种渐进的多序列比对方法，通过构建距离矩阵和系统进化指导树来进行比对。查看比对结果：比对完成后，结果窗口中相似性最高的区域会用红色表示，同源性较低的区域则以蓝色或绿色显示。可以通过观察颜色来判断序列之间的相似性和同源性。

菌种鉴定——如何构建系统发育树

1、序列准备 首先，通过测序获得需要鉴定的目标菌株的序列信息。对于细菌，通常测定16S rDNA序列（全长大约5 kb左右）；对于真菌，则测定ITS序列（500-750 bp）。这些序列是后续构建系统发育树的基础。

2、构建系统发育树的步骤如下： 准备序列信息 获取目标菌株的序列信息，如细菌的16S rDNA序列或真菌的ITS序列。 序列比对 将序列上传至NCBI数据库，使用BLAST工具与已知菌种序列进行比对。 筛选并下载比对结果中的1012条最匹配序列，确保序列覆盖度广，提高构建系统发育树的准确性。

3、构建系统发育树的步骤涉及多个关键环节，旨在从测序获取的序列信息中，构建出反映微生物之间亲缘关系的系统发育树。首先，准备好目标菌株的序列信息，例如细菌的16S rDNA序列（约5 kb）或真菌的ITS序列（500-750 bp），这是后续分析的基础。接着，将序列上传至NCBI数据库，与已知菌种序列进行比对。

4、对于具有较高同源性的菌种，为了进一步确认其分类地位并理解菌种之间的亲缘关系，可以构建系统发育树。系统发育树基于ITS序列的相似性构建，可以直观地展示菌种之间的进化关系。综上所述，通过ITS序列分析，结合序列对比和系统发育树构建，可以高效、准确地鉴定出已知rDNAITS序列的菌种。

BLAST的本地安装和简单使用

BLAST的本地安装和简单使用如下：安装： 傻瓜版安装： 从NCBI官网下载傻瓜版安装包。 按照安装向导的提示进行安装，安装程序会自动设置环境变量。绿色版安装：从NCBI官网下载绿色版安装包。解压下载的压缩包，并将解压出的文件夹移动到预设的安装目录。

傻瓜版安装：傻瓜版的安装非常简单，用户只需按照安装向导进行操作即可。2 绿色版安装：绿色版的安装需要用户解压下载的压缩包，并将解压出的文件夹移动到预设的安装目录。解压包路径为ncbi-blast-10+-x64-win6tar.gz，安装目录假定为C：\Program Files。

在安装了BLAST+的程序包后，可以通过脚本update_blastdb.pl轻松下载数据库。在命令行中，可以看到如16S_ribosomal_RNA等众多可供选择的数据库，下载nt库的命令也非常简单，支持后台下载和断点续传。

NCBI在线版Blast使用(超详细奥)

在使用NCBI在线版Blast之前，首先需要选择合适的Blast类型，以匹配你的查询序列和数据库类型：blastp：用于蛋白质序列对蛋白质序列数据库的查询。blastn：用于核酸序列对核酸序列数据库的查询。blastx：将核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列后，对蛋白质序列数据库进行查询。

NCBI在线版Blast的使用指南如下：选择Blast类型 blastp：用于蛋白质序列之间的比对。 blastn：用于核酸序列之间的比对。 blastx：将核酸序列翻译成蛋白质后，进行蛋白质序列的比对。 tblastn：将蛋白质序列与核酸数据库中的翻译产物进行比对。

NCBI在线版Blast的使用指南提供了详细的步骤和类型选择。首先，Blast有多种类型，包括blastp（蛋白质对蛋白质），blastn（核酸对核酸），blastx（核酸翻译后对蛋白质），tblastn（蛋白质对核酸翻译），以及tblastx（两种核酸翻译后的蛋白质水平比对）。

NCBI BLAST在线版使用教程访问BLAST界面 网址：https：//blast.ncbi.nlm.nih.gov/ BLASTP检索 BLASTP是用于蛋白质序列比对的工具。以下是进行BLASTP检索的步骤：基本检索 输入查询序列：在“Enter query sequence”框中输入要查询的蛋白质序列。

一步一步教你使用NCBI BLAST 进入在线BLAST界面 首先，打开NCBI BLAST的在线工具页面。在浏览器中输入以下网址：https：//blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi，即可进入BLAST的主界面。该界面提供了多种BLAST子程序的选择，以及针对特定物种的BLAST选项。

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